O jogo tem seu inicio com o protagonista Harry Mason procurando por sua filha, Cheryl, na misteriosa cidade de Silent Hill. Após um acidente de carro Harry acorda e percebe que sua filha desapareceu, a partir deste ponto se inicia uma busca incessante por sua filha. Essa história alterna entre as partes em Silent Hill e pela clínica psiquiátrica chamada Lighthouse em que o jogador faz uma consulta com o Dr. K (Não aparentando ser o mesmo Michael Kaufmann de Silent Hill e Silent Hill Origins) onde conta sua história. Aparentemente houve uma ajuda dos fãs da série (nos créditos finais há agradecimento especial para os fãs de Silent Hill e tem algumas citações dos outros jogos como por exemplo pelo telefone dá para ligar para o hospital Brookhaven (Silent Hill 2 e Silent Hill 3).